Игра начинается с видеоролика, в котором рассказывается о произошедшей ядерной войне.
В 2085 году группой ученых при финансовой поддержке министерства обороны США была спроектирована и построена система управления стратегической обороной. Система получила название N.A.S.D.A. (от North American Strategic Defence Agency). Официальные источники сообщают, что система дала сбой в ходе одной из рутинных проверок. Однако, существует версия, что система изначально была запрограммирована на совершение Коллапса. Так или иначе, в конце 2085 года система нанесла ядерные удары по всем крупным городам мира. Когда были запущены ответные ракетные удары - система противоракетной обороны не выполнила свою задачу и весь мир был полностью уничтожен.
Спустя некоторое время наступила ядерная зима, в которой остатки человечества боролись за свое существование. Лишь горстка людей хранила надежду на возрождение мира. Для этого они добрались до военной базы в Скалистых горах и обосновались там, ожидая окончания ядерной зимы. Это было в начале 2086 года.
В 2100 году они вновь вышли на поверхность. Восстановив наземную часть базы они, наконец, были готовы начать Проект. Для этого они снарядили три экспедиционные группы, которым была поставлена задача найти и восстановить утерянные в Коллапсе технологии.
Сражаясь с враждебным миром и постепенно развиваясь The Project постепенно узнает правду о случившихся в 2085 году событиях.
Со временем на первый план выходит противоборство с организацией N.E.X.U.S. во главе которой стоит некий Искусственный интеллект. Позже выясняется, что именно N.E.X.U.S. несет ответственность за разрушение мира. Более того, управляющий всем ИИ - есть разработанная в рамках проекта N.A.S.D.A. система, хранящая в себе личность ее создателя - доктора Рида (Dr. Reed). В одном из сеансов связи Рид сам сообщает о том, что именно он начал Коллапс и что он готов повторить его, чтобы уничтожить Проект.
В третьей части кампании Проект сражается исключительно с N.E.X.U.S. Им удается захватить банки данных N.E.X.U.S., его ракетные шахты и уничтожить орбитальные лазерные спутники. После всего этого происходит финальная битва на базе N.E.X.U.S. в северной части Скалистых гор. Войска Проекта уничтожают командный центр N.E.X.U.S. и приступают к восстановлению цивилизации.
Концовка игры является неоднозначной, так как финальный видеоролик заканчивается тем, что один из центров спутниковой связи начинает последовательность запуска ядерных ракет. Вместе с этим раздается смех Рида...